農林水産省は石破茂農林水産大臣を本部長とする事故米対策本部で、地方農政局長から情報を収集するとともに、省として取り組む工程表を取りまとめた。事故米の流通ルートについては１０月末をめどに全体像を解明する、としている。
このほか、速やかに対応すべきものとして（１）事故米麦の輸出国等への返送・廃棄を行うための国と輸入業者の契約条項の改訂を行う＝１０月第２週に契約条項を改訂し、麦から輸入入札を再開。
（２）国が保有する事故米穀の廃棄処分を行う＝１０月第１週を目処に廃棄処分を開始。
（３）米流通に関する検査マニュアルの整備を図る＝１０月第２週にマニュアルを作成するなどをあげている。
また、次期通常国会法案提出に向け準備すべきものとして、（１）米の流通規制、（２）米のトレサビリティ、（３）米の原料原産地表示のほか、罰則の強化などについても検討し、成案を得るとしている。
また２１年度を目処に準備すべきものとして、（１）農林水産省の業務の見直し、（２）組織の見直し、（３）検査職員の資質の向上などをあげている。以上の取組について省外から意見を聞きながら進めて行く意向だ。
