東京大学など国立大学法人（８６法人）と大学共同利用機関法人（４法人）の９０法人について、公表された平成１９年度分の役職員の給与等の水準を文部科学省がとりまとめたところによると、総人件費は９３６１億８０６１万９０００円となり、行政改革の推進に関する法律に基づいて平成１８年度以降、５年間で５％以上の人件費削減を目指してきた結果、基準額（平成１７年度の人件費予算相当額、９９６７億９１６５万２０００円）に比べ、６０６億１１０３万３０００円削減できていることが分かった。
文部科学省では「国立大学法人等においては、新規採用の抑制などの取組みにより、人件費の削減の取組みを行っているが、国立大学法人全体の平成１９年度における人件費削減の取組み状況をみると、基準額を６・８％下回っている状況にある」としている。
具体的な内容をみると、法人の長など常勤役員の報酬支給状況では、法人の長が１８５３万７０００円、理事が１４５０万９０００円、監事が１２３４万２０００円となり、１８年度に比べ、法人の長と理事がそれぞれ、４９万３０００円、８万６０００円、率にして２・６％、０・６％減った。監事は３１万１０００円、２・６％増えている。
退職金をみると、１９年度中に法人の長は２０人、理事が４８人、監事１２人が退職していた。平均在職期間は長が３年６ケ月、平均支給額は５８７万８０００円。理事では２年８ヶ月、３６５万円だった。ただし、理事４８人のうち、３７人は職員から引き続き理事に就任しており、職員時代からの平均在職期間は３４年となり、退職金の平均支給額は４７８６万４０００円にのぼっていた。監事は３年４ヶ月の在職で、平均支給額は３３７万７０００円だった。
