行政の無駄を排除するための行政支出総点検を行っている行政支出総点検会議（座長・茂木友三郎キッコーマン代表取締役会長、東国原英夫宮崎県知事ら座長を含め10人で構成）のうち、外務省、文部科学省、経済産業省、環境省と宮内庁、公正取引委員会を担当したワーキンググループが公益法人への支出や特別会計、政策の棚卸しなどをチェックした結果、財団法人科学技術広報財団が管理運営業務を受託している日本科学未来館について、「他の類似施設に比べ、入館者１人当たりの運営コスト（１９年度運営費２８億６０００万円、入館者数７９万５０００人）が３５９７円と高い」として、「運営の効率化を行うべきではないか」と問題提起するとともに、財団法人産業廃棄物処理事業振興財団についても「原油価格上昇などを理由に予算要求額が４０位億円から６２億円に大幅上昇しているが、本当にやむを得ないものかどうか、よく精査すべきではないか」と要求内容の妥当性を分析するよう提起している。
このほか、原子力発電所の立地に伴って地方自治体に交付される交付金（電源立地地域対策交付金等）についても「その使い方が一般国民に分かりやすいものとなるように、使い道のチェックのあり方などを含めよく検討すべきではないか。加えて、 原子力発電所の近くに地方自治体等が設けている原子力ＰＲ施設については、入場者１人当たりの費用が高いものもあり（１人当たり最大３万円）、その費用対効果を検証すべき」などと指摘している。
また、独立行政法人日本学生支援機構による低利・長期の奨学金事業について、その役割や必要を認める一方で、１９年度末現在の延滞債権額が約２２００億円に上っており、「放置すれば、将来的な国民負担の大幅増加が懸念される」と指摘。「人件費・事務費の削減を引き続き進める一方で、延滞債権等の回収の民間委託や法的措置の強化など、延滞債権の回収強化策を講ずるべき」とするとともに、「現状では学生のほぼ３人に１人が受給しており、親の年収が１０００万円を超える場合であっても貸与を受けられるという貸与基準を見直してはどうか」と提言している。
義務教育関連支出についても、文部科学省が学習指導要領の改訂による授業時数増への対応として非常勤職員（４０時間勤務）を１万人余り増員する要求を行っていることについては、「基本方針２００６において教職員の定数は５年間で１万人減とされていることを踏まえるべき。また、児童生徒の数は減少しており、平成元年と比較して生徒１人あたりの教職員数は３割増となっている。事務の合理化など、現在の体制の中で対応する工夫を行うべき」と指摘し、教員の給与水準についても、既に「基本方針２００６に沿って２３年度までに優遇分（４３０億円相当）を縮減することとされており、教職調整額の見直しの検討も含め、２３年度までに確実に実施するよう縮減を加速すべき」と目標値達成へ拍車をかけるよう、努力を求めている。
