日本共産党の志位和夫委員長は元衆院議長で安倍１次内閣で文部科学大臣を務めた自民党の伊吹文明衆院議員が二階派の５日の会合で日本学術会議の会員任命拒否問題に触れ「（日本学術会議の会員は特別職の国家公務員だとし）一方的に政治的な声明を出すとか、学術会議の肩書で政治的発言をするのは自粛しないといけない」と発言したと報じた共同通信記事をツイッターにつけたうえで「ついに本音の発言が出てきた」と自民党の本音と指摘した。
学術会議の肩書で政治的発言をするのは自粛しないと、という論理に従えば、Ａ級戦犯を合祀する靖国神社に総理や閣僚の肩書で真榊を奉じるのは自粛しないと整合性が取れないのでは、との声もある。
志位氏は「学問の自由を、公然と攻撃し、学術会議が独立した立場で政府に対して発言することを公然と封殺しようとする恐るべき発言。こうした勢力が跋扈するようになったら、日本は民主主義の国でなくなる」と強い警鐘を鳴らした。
また、菅義偉総理が日本学術会議の会員任命に際して事前に日本学術会議と内閣府で一定の調整があったとした答弁を５日の参院予算委員会で行ったことに対しては「苦しくなって新たな理屈を持ち出してきたが、『事前調整』が必要などとは法律に一言も書いていない。これが理由となると、違法な政治介入をやったことを自ら認めることになる。語れば語るほど支離滅裂が酷くなる」と総理答弁の破綻ぶりを指摘した。（編集担当：森高龍二）
